A KÉKI és más K+F intézmények összefogásában rejlő kölcsönös infrastrukturális és szakmai előnyre építve, a pályázatokban gyakran jelennek meg konzorciumi partnerként az agráripari kutatóhálózat tagjai, az agrár és műszaki egyetemek, fogyasztói érdekvédelmi szervezetek, egyesületek, az önálló vállalkozások és külföldi kutatóintézetek. A közép és hosszú távú kutatások kedvezően hatnak tudományos műhelyek kialakulásra is.

A hazai együttműködések a következő csoportokra oszthatók:

• a különböző főhatóságok (Vidékfejlesztési Minisztérium, Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal) és az OTKA (Országos Tudományos Kutatási Alapprogramok) által meghirdetett pályázati keretből támogatott K+F együttműködések az intézeti alapfeladatokban társ-kutatóintézetekkel; 

• együttműködési megállapodás oktatási intézményekkel: 

  • Kihelyezett Élelmiszer-tudományi és Takarmánybiztonsági Tanszék - Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar
  • Kihelyezett Ökotoxikológiai Tanszék - Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar
  • Kihelyezett Fogyasztói Tanulmányok Tanszék - Budapesti Corvinus Egyetem, Élelmiszer-tudományi Kar

• szolgáltatás nyújtása gazdálkodó szervezeteknek, élelmiszer-előállítónak; 

• információszolgáltatás az élelmiszerjoggal kapcsolatos hazai és Európai Uniós előírásokról.